109普考衛生技術

生物技術概要


申論題

擬答
【命中特區】志聖生物技術學A02,p76-82/總複習講義1W,p119-124
  1. 抗體多樣化主要是經由基因重排
    1. 二條輕鏈:κ與λ
      輕鏈DNA重排:V-J 組合。不同L x V x J = 輕鏈表達數量。
    2. 五種主要的重鏈:α、δ、ε、γ、μ。分別製造岀IgA、IgD、IgE、IgG、IgM。
      重鏈DNA重排:V-D-J 組合。不同L x V x D x J x C = 重鏈表達數量。
    3. 重鏈數 x 輕鏈數,逢機組合成抗體數量。
    4. Somatic hypermutation(體細胞的高度變異)
      1. 起始物是AID(activation-induced cytidine deaminase,為一種脫胺酵素),作用在胞嘧啶( C)上使之轉變為尿嘧啶(U),接著再透過MSH2/6基因上的mismatch repair,造成A:T位置上的突變
      2. 透過UNG(uracil-DNA glycosylase,一種脫鹼基酵素)將Uridine上的鹼基去除,使之變成abasic site(無鹼基位置),然後透過REV1基因上的DNA修復酵素,造成C:G位置上的突變
    5. Class switch(抗體種類的轉換)
      一種可以使得B細胞所生產的抗體從一種類型轉變成另一種類型(例如從IgM轉換成IgG)的生物學機制。原始的成熟B細胞生產IgM和IgD這兩種抗體,免疫球蛋白基因座的頭兩個重鏈片段即生產這兩者。經過抗原激活的B細胞會發生增殖,這些激活且增殖的B細胞,如果通過CD40受器和細胞因子受器捕獲到特定的分子信號時(均由T輔助細胞調節),將會發生類型轉換以生產IgG、IgA或者IgE抗體當中的其中一種。
      1. 一般B cell主要產生IgM和IgD抗體(μ和δ基因表現)
      2. 用LPS去刺激B cell會促進其增生,所產生的抗體也是IgM和IgD
      3. 若同時加了IL-4,則改為產生IgG1抗體(促進γ1基因表現)和IgE(ε基因表現)
      4. 若加了TGF-β,則改成產生IgG2b抗體(γ2b基因)和IgA抗體(α基因)
      5. 若缺乏CD40 ligand,則因為缺乏class switching的能力造成IgM抗體無法轉換成IgG、IgA、IgE等形式,因而產生高免疫球蛋白M症候群(hyper IgM syndrome)
    6. Gene conversion(基因互換)
      APE1(一種外切酶,可從DNA尾端進行切除)作用在abasic上,把其尾端的五碳糖切除,切除後就變成single-strand nicks(缺口),有了缺口後,即可進行基因的置換。
    7. Clonal selection理論
      免疫系統細胞(淋巴細胞)對侵入人體的特定抗原所作出反應的功能。該概念是由澳大利亞醫生弗蘭克·麥克法蘭·伯內特(Frank Macfarlane Burnet)在1957年所提出,其試圖解釋在免疫反應啟動過程中抗體的多樣性的形成。
  2. 株落選擇(clonal selection)之過程
    克隆選擇理論(Clonal selection theory )是免疫學中的一個科學理論,它解釋了免疫系統細胞(淋巴細胞)對侵入人體的特定抗原所作出反應的功能。
    要選擇哪一種B或T細胞來增殖(proliferation),決定於與抗原的結合。抗原接在特定的B細胞受體上,會刺激該細胞分化成漿細胞(plasma cell)以產生抗體。當某一淋巴球被選擇性的活化增殖為效應細胞株發生在第一次接觸到抗原時所產生的免疫反應稱為初級免疫反應(primary immune response),有些細胞成為記憶性細胞(memory cell),當萬一哪一天又再次被相同抗原入侵時,免疫系統便能加速反應--是為次級免疫反應(secondary immune response)。也可以藉由抗原呈現細胞(Antigen-Presenting Cell, APC),將抗原呈現給$T_c$細胞,再由他去活化$T_c$和B細胞。
    Clonal selection理論指出,在預先存在的淋巴細胞組(特別是B細胞)中,特定的抗原僅激活(即選擇)其反特異性細胞,因而誘導特定細胞繁殖(產生其克隆)進行抗體生產。這種激活發生在如脾臟和淋巴結等繼發性淋巴器官之中。簡而言之,該理論解釋了產生抗體特異性多樣性的機制。
  3. 抗體親合力成熟(affinity maturation)之分子機制與生理意義。
    特定抗體的產生,其實是被選定的具有適當專一性抗體的B淋巴球,經由特定抗原刺激後,造成此B淋巴球的大量增生,並發生體基因超突變,以藉此產生更具專一性的抗體(此現象稱之為親合力成熟affinity maturation)。
    B細胞被抗原激活之後,將會迅速的增殖。在快速增殖的過程中,編碼重鏈及輕鏈可變區的基因,會通過一種稱為體細胞超突變過程,發生非常高概率的點突變。體細胞超突變會使得每一次細胞分裂,在基因的可變區中會產生大約一個核苷酸的變化。這一過程將導致每一個子代B細胞會與親代的DNA,在抗體胺基酸鏈的可變區部分產生細微的差異。
    這種突變方式可以增加抗體池的多樣性,並且對抗體與抗原的親和力產生影響。例如,突變的子代中,某些所產生的抗體與抗原結合的能力,比親代所產生的抗體相比反而變弱了(親和力下降),但另一些則可能變強了(親和力增強)。那些表達親和力更強的抗體的B細胞,會在與免疫系統其它部分的交互過程中,獲得比較弱者更強的生存信號,後者會逐漸因為凋亡作用而消失。這種使得生產的抗體逐漸增加結合親和力的過程,就是親和力成熟過程。親和力成熟過程發生在已發生過V(D)J重組後的成熟B細胞上,並需要輔助T細胞的幫助。
  4. 同種抗體(isotype)、異型抗體(allotype)以及異種抗體(idiotype)之定義與差異。
    1. 同種抗體(isotype)
      指同一種屬所有個體的同一類Ig分子共有的Ag特異性標誌,主要位於Ig的C區(Fc段)。同一種屬所有個體的同一類Ig分子isotype相同。
      免疫球蛋白的同種型是指免疫球蛋白類型或亞型的重鏈遺傳變化或差異。人類有九種同種型:重鏈: α -IgA1, 2; δ –IgD; γ -IgG1, 2, 3, 4; ε –IgE; μ -IgM。輕鏈: κ& λ。
    2. 異型抗體(allotype)
      指同一種屬不同個體的同一類Ig分子所具有的不同的Ag特異性標誌。主要分布在Ig的CL和CH上一個或數個胺基酸的差別。γ、α、ε類重鏈和κ型輕鏈均有。
    3. 異種抗體(idiotype)
      指同一個體內,不同B細胞克隆產生的特異性,尤其是HVR的胺基酸組成、排列和構型決定了獨特型的Ag特異性。Ig獨特型的決定簇又稱為獨特位(idiotope)。Id的特異性決定了抗體結合抗原的特異性。
      Isotype Ab Allotype Ab Idiotype Ab
擬答
【命中特區】志聖阮籍老師生物技術學A02, p207-208
COS細胞是通過用能產生大T抗原的猿猴空泡病毒40(SV40)永生化 (immortalizing)CV-1細胞而獲得的。CHO是源自中國倉鼠卵巢的上皮細胞系,通常應用於生物學和醫學研究,並且在商業上用於生產具治療性的蛋白質。
  1. 細胞株(cell line)
    具有持續繼代培養能力之細胞株(Cell Line),通常一個細胞株都是由一顆細胞長成一個群落(colony)。最早的細胞株是由癌細胞得來,但由於細胞培養技術的發展,只要具有可以穩定繼代生長且不變性的特性,皆可稱為細胞株。
    細胞株細胞同樣是取自生物體,但經篩選後,有些特殊細胞可以不斷分裂生長,例如有些細胞株的某些特殊基因如端粒酶(telomerase)基因異常表現,使得它們具有無限增生的性質,可以永久培養下去。
    第一個被建立的細胞株為HeLa Cell,是在1951年2月美國霍普金斯大學的婦產科醫生Dr. Jones (H. W. Jones)診察了一位黑人婦女,H. Lacks女士,發現她的子宮頸有疑似癌症的徵狀。患部組織經由細胞培養專家Dr. Gey (G. O. Gey)培養,在1952年成功地培養出來並命名為HeLa細胞。HeLa細胞對於生物科學的貢獻難以評估,不論在生物化學領域、遺傳學方面、病毒感染、癌症pathway、蛋白質合成途徑和藥物調控等方面尤其顯著。
    細胞株培養(Cell Line Culture)。主要目的就是將細胞做大量及源源不絕的培養,進一步經由各種實驗設計來了解大部分生物細胞內的作用機轉或是得到其代謝產物來做相關的研究。
  2. 醣蛋白(Glycoprotein)
    醣蛋白是一種含有寡糖鏈的蛋白質,兩者之間以共價鍵相連。其中的寡糖鏈通常是經由共轉譯修飾或是後轉譯修飾過程中的糖基化(glycosylation)作用而連結在蛋白質上。
    糖蛋白多肽鏈常攜帶許多短的雜糖鏈。它們通常包括N-乙醯己醣胺和6C醣(常是半乳糖和/或甘露糖,而葡萄糖竟較少)。 該鏈末端成員常常是唾液酸(sialic acid)或L-岩藻糖(L-fucose)。這種寡糖鏈常分支,很少含多於15個單體的,一般含2~10個單體,分子量相當於540~3,200。糖鏈數目也變化很大。
    1. 醣蛋白即是含有寡糖鏈的蛋白質,兩者以共價鍵相連
    2. 抗體會辨認並結合的抗原決定因子(antigenic determinants)也是由醣蛋白所組成
    3. 所有抗原決定因子中首先被發現的便是決定人類血型的物質
    4. 補充:感冒病毒的分類是以血凝素(Hemagglutinin)和神經胺酸脢(Neuraminidase)做區分,例如 H1N1流感病毒。
      1. 血凝素用來和欲結合之細胞的膜上蛋白結合
      2. 神經胺酸脢則用來從細胞脫出,「克流感」的作用是抑制病毒的神經胺酸脢來達到治病的效果
  3. 大腸桿菌、酵母菌與昆蟲細胞等無法將蛋白質L作正確的醣基化。
    大腸桿菌無法進行蛋白質合成後修飾作用,酵母菌與昆蟲細胞等無法將蛋白質L作正確位置的醣基化。
擬答
【命中特區】志聖阮籍老師生物技術學A01, p30-32
  1. DNA變性作用 (DNA denaturation)
    DNA變性(DNA denaturation)又稱DNA融化(DNA melting)是DNA雙螺旋解開成為兩條單股長鏈的過程。在過程中,使兩股長鏈上的鹼基相連的氫鍵會斷裂。DNA的變性可以是溫度升高而產生的作用,也可能是其他化學物質如尿素或高鹽的誘導。
  2. DNA變性曲線 (DNA denaturation curve)
    dsDNA鹼基相互配對,A260吸光值較低,稱為hypochromism,當加熱溫度上升時,鹼基配對的氫鍵被打斷,A260吸光值逐上升,稱為hyperchromism。
  3. dsDNA 解開一半ssDNA時,此時溫度稱為Tm值。
  4. Tm value
    使雙股螺旋DNA解開一半時所需溫度,稱為DNA變性作用過程中的Tm值。長鏈dsDNA Tm=69.3 + 0.41 (G+C%),短鏈primer Tm= 4(G+C) +2 (A+T)。
  5. 影響DNA解鏈溫度Tm值的因素
    是依DNA鏈的長度,以及特定核苷酸序列的組成形式而定。
擬答
【命中特區】志聖阮籍老師生物技術學A02, p107-109
  1. 「嵌合抗原受體重組T細胞」:
    CAR-T免疫治療,是為了加強T細胞辨識癌細胞的能力,CAR-T免疫治療是利用病患自身的T細胞,在體外經過生物工程技術進行基因改造,加入一個能辨識腫瘤細胞的嵌合抗體,並在體外大量培養擴增CAR-T細胞後,使其細胞數增值至數十億到上百億,再將擴增的CAR-T細胞回輸病人體內。當T細胞表面的抗體與腫瘤細胞上的特定抗原結合時,還需要其它配體結合促進T細胞的活化,但經過基因改造的嵌合抗原受體,不須配體的輔助,即可有效的活化CAR-T細胞,而發揮其毒殺腫瘤細胞的功能。經過20年的研究改良後,於2014年的研究報告指出,CAR-T免疫治療使用在復發或治療無效的急性淋巴性白血病人,展現顯著的治療效果,有高達9成的病患得到完全緩解,另外,這種治療使用在慢性淋巴性白血病以及B細胞淋巴癌,也有相當好的療效。為了達到更好的治療效果,現在已經發展出第三代的CAR-T免疫細胞療法,不同的嵌合抗原受體也繼續被發展中。除了上述的腫瘤之外,CAR-T免疫治療也被使用在血液惡性腫瘤包括:多發性骨髓瘤、何杰金氏淋巴癌、骨髓性血癌等,以及固態腫瘤,包括:神經母細胞瘤、膠質瘤、胰臟癌、攝護腺癌、間皮瘤、骨肉瘤等等。未來的發展,著重在更適當的腫瘤抗原的挑選,及副作用的減少。
  2. 備置CAR-T細胞的方法與流程
    CAR-T細胞的免疫治療過程:
    首先,T細胞通過血液成分分離技術收集,之後送到實驗室中進行基因編輯在T細胞表面產生嵌合抗原受體(CARs),經過編輯後,T細胞變為嵌合抗原受體T細胞(CAR T cells)。嵌合抗原受體是種蛋白質,能夠識別目標腫瘤細胞的抗原。
    其次,經過編輯的CART細胞在實驗室中進行增殖,通過生長細胞增殖到數以百萬計之後,再冷藏運輸到患者的治療中心或醫院,將CART細胞注射到患者體內。通常,多數患者在注射CART細胞之前已經進行過一個療程或多個療程的化學治療。注射到患者體內的CART細胞在其血液中增殖,這些細胞識別殺滅目標腫瘤細胞。並且,CART細胞能夠在注射之後長期存在於患者體內,防止癌症的復發。
擬答
實驗室診斷方法與原理
  1. 在P2 &P3實驗室培養分離SARS-CoV-2病毒
    實驗室分為P1到P4四種不同安全等級,「P」 為"Physical containment level"(物理收容等級)之意,其中P1實驗室適用於處理對個人及社區具低度危害性之微生物;P2實驗室適用於處理對個人具有中度危害性,而對社區之危害有限之微生物;P3實驗室適用於對個人具有高度危害性,而對社區具有中度危害性之微生物;P4實驗室則適用於處理對個人及社區同樣具有高度危害性之微生物。SARS或這次COVID-19的研究,一般操作在P2實驗室,但病毒培養及分離純化則需要在P3實驗室裡操作。
    SARS-CoV 2病毒培養依據疾病管制署公告「醫學實驗室處理嚴重特殊傳染性肺炎檢體之實驗室生物安全指引」指出,有關進行涉及病原體在體外或體內增殖之診斷試驗,須於 BSL-3 (P3)實驗室下進行,以提高生物安全防護。因此國內實驗室需具備生物安全第三等級實驗室才有資格進行SARS-CoV 2的病毒培養,有鑑於病毒的分離對於研發有效疫苗、抗病毒藥物篩選及發展快速而精準的檢測試劑非常重要且必需。因此許多國家在疫情發生時,均成功分離出病毒株,包含臺灣。
  2. Nucleic acid hybridization
    利用具特殊專一性之探針 (probe),結合上放射性32P或者螢光染料,將檢體中的病毒核酸RNA,以篩選檢體是否含有病
  3. Real time RT-PCR
    萃取病毒RNA,利用反轉錄酶及dNTPs將RNA反轉錄為cDNA,再利用具特殊專一性之引子(primers),將檢體中的病毒核酸 DNA/RNA 經由螢光(CYBR Green)定量聚合酶連鎖反應 (real-time PCR)或一步法反轉錄螢光定量聚合酶連鎖反應(One-step RT real-time PCR),增幅出 DNA 片段,以篩選檢體是否含有病毒。所用之引子是根據病毒序列設計。此法需搭配螢光定量聚合酶連鎖反應儀器,平均耗時 2-4 小
  4. Enzyme-linked Immunosorbant Assay (ELISA)
    酶聯免疫吸附試驗的常見做法為,將特異性抗體(一抗)覆蓋到96孔盤中,藉以捕捉檢體中相對應的抗原,然後加入第二個特異性抗體,目標抗原會被夾在兩個特異性抗體中間,接著再使用酶標記二抗與受質反應,反應後的顏色深淺程度直接反映檢體的病毒量,對難以分離培養、形態特殊或病毒量較多的檢體,ELISA檢測可以提供快速有效的病毒鑑定方法。
    Sandwich ELISA
  5. 快速試紙檢測法
  6. 電子顯微鏡與冷凍電鏡法
    1. 冷凍電鏡法 (一般貴重實驗室可以執行)
      用於病毒型態和結構的觀察,可將病毒懸浮液經過高濃縮和純化後,以磷鎢酸負染與電子顯微鏡直接觀察病毒之大小、形態,可初步判斷此病毒屬於哪一科。此作法繁瑣,臨床上多已被免疫或分子生物的檢測方法所取代。
    2. 冷凍電鏡法 (只有少數實驗室可進行,如中央研究院)
      把生物檢體溶液滴在銅網上, 並且把多餘的樣品移除。通過零下-196oC液態乙烷,高速投入銅網後,會在生物分子周遭溶液形成玻化水,並且在觀測樣本期間都維持低溫,當溫度高於攝氏 135 度則玻化水會形成冰晶。透過網眼間的薄區玻化水觀測生物分子。

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