二代健保之規畫目標及主要內容，奠基於「權責相符」之原則，規畫目標為(一)提升醫療品質(二)平衡財務收支(三)擴大社會參與，分述如下；
- 強化資訊提供以提升醫療品質：
醫療照護資訊的分享與回饋，定期回饋醫療品質資訊給醫療提供者，作為標竿學習的依據，均有助於醫療專業盡責之達成；總額支付制度下，保險機構與醫療提供者共同分擔財務風險，為避免醫療提供者因財務考量而犧牲保險對象之醫療品質，故於醫療品質之主要的內容為：- 確保之健保署組織功能再造工作，發揮其握有大量資訊之優勢，進行醫療品質資訊之監控，以保障醫療服務之安全與可靠，最後，繼續推行總額支付制度下之品質確保方案，並運用專業自主及共同管理，監督專業團體執行品質確保方案。
- 成立全民健康保險醫療品質專責單位，監督中央健康保險局履行醫療品質承諾，提供民眾所需的醫療品質資訊，以及推動全民健康保險資訊之隱私保護政策。
- 運用相關措施與制度協助醫療專業盡責：醫療專業應主動參與品質指標之測量方法訂定、品質資訊之回饋或公開選取依據、品質資訊回饋與監視過程等，以兼顧品質指標專業性並提升其管理意義。建立以持續提升醫療品質為目標之雙向資訊回饋機制。
- 提供以民眾為需求之醫療品質資訊，以提升民眾就醫選擇之參考等面向；定期蒐集病人就醫之經驗資訊，將民眾所重視的醫療服務過程面表現，藉標準化的評估比較後，彙整成病人口碑的資訊釋出給民眾以參考或為品質監測之常規指標。
- 平衡財務且提高服務購買效率：
全體國民皆已享受同一標準之給付內容，但是，對於不同類目保險對象，仍沿襲原先各項社會保險制度，而使得我國全民健康保險制度收取保費有下述現象：- 簡化被保險人為二類，一類是依所得稅法規定，應申報或繳納綜合所得稅之納稅義務人，與其合併報繳綜合所得稅之配偶及受其撫養親屬，包括目前不必申報的現役軍人，托兒所，幼稚園，國民中小學教職員等及其配偶和受其撫養親屬，全歸於第一類，二類為不必報稅者，亦即所得收入低至免報稅標準的人。
- 政府與雇主各有法定的成長率公式分擔保費。
- 擬定被保險人應負擔的保險費計算方式以家戶總所得為主（家戶所得總額為 該申報戶各項所得合計金額，而非扣除綜合所得稅免稅額、扣除額後的所得淨額），計算應繳納保險費，並設定每年每戶負擔保險費之上、下限標準。保險財源籌措改革方案以家戶所得高低為保險費計算基礎的方式，可解決現行僅以薪資所得為保險費計費基礎，及依職業別不同而有不同保險費負擔的各種不公平現象；並可使保險費收入隨著所得成長而增加，進而減少保險費調漲頻率。
- 建立一套理想而可運作的資源配置機制，可視民眾所需要的給付範圍內容大小為起始點規畫（量出為入），或視全民健康保險財源的多少來調整（量入為出）。透過客觀科學實證資料的評估與公正公開的公眾討論，再由衛生主管單位參考主客觀資訊後方進行決策與執行。
- 擴大社會多元化參與健保政策：
全民健康保險乃重大社會安全政策，其許多政策決定深深影響民眾權益，二代 健保除規劃擴大社會團體參與管道，並朝向民眾平等參與而努力，另有鑑於目前社會參與面管道的缺乏及參與能力不足，顯示提升民眾參與全民健康保險政策知能之重要性，主要的內容為建立多元化之決策參與和協商模式。
綜觀各國控制醫療費用上漲，提升醫療服務微觀經濟效率之措施主要藉支付制度改革，以適當的財務誘因，促使醫療提供者提供適當組合的服務，以期達到以較低但適當的醫療支出，具體策略分述如下：
改革支付基準（如DRGs取代FFS）加強供給者財務責任與醫療院所競爭，提升效率減少浪費- 實施DRG s論病例計酬或DRG醫院總額預算制度
台灣在健保開辦時即逐步試辦54種病例採論病例計酬，其餘採論項計酬。 2010年起健保逐步在住院導入以台灣版DRGs為基準的論病例計酬支付制度，原擬於五年後全面導入，但至2014 年仍僅導入第二階段，總共有401項 DRGs。每次住院之DRGs原則上採定額支付，但另有加成支付：如不同層級醫院基本診療加成、病例組合指數（case-mix index）加成、兒童加成、偏遠地區加成等。特殊病人若住院費用低於下限（2.5百分位），採核實申報，若費用超過上限臨界值（91百分位），仍可獲得超過部分80%的補償。由於醫院提升服務效率獲得的利潤直接歸醫院所有，可解決論項計酬效率不彰之問題。健保署亦同步推出四大監控措施，避免醫院將病人移轉門急診、拒收重症病人、降低醫療品質或增加再住院。研究發現實施DRG降低10% 住院日與照護密集度，但未顯著影響品質（急診、出院後再住院、死亡率）。 - 引進醫師之混合支付方式
論人計酬理論上有助於強化基層照護醫師守門人的角色，以人為中心，提供包 括預防保健之完整照護，可減少不必要的住院、提升醫療服務效率、連續性、品質，並合理控制費用；但若論人計酬支付標準無法妥善做風險校正，易發生醫療院所挑肥揀瘦之逆選擇現象，重症病人易被排擠，復因醫師所得與服務量無關，醫師亦較缺乏動機提供必要之醫療或提高生產力，甚至有可能為降低成本而減少必要服務或增加不當轉診。因此以論人計酬支付醫師費的國家，有些改採混合支付模式以解決上述問題，例如在論人計酬中加入服務費，或是在薪水制中如入服務費或論次計酬費。 - 推動論質支付，鼓勵建立以證據醫學為基礎的醫療品質改善計畫，台灣自2001年11月亦開始推動論質支付（醫療給付改善計劃），包括糖尿病、氣喘、肺結核、高血壓、憂鬱症、精神分裂症、BC肝帶原者之照護、初期慢性腎臟病照護與衛教、護理品質與急診品質提升計畫、子宮頸癌抹片篩檢率之提升、以及乳癌治療品質之提升等。
- 鼓勵以證據醫學為基礎的整合式盡責照護，促進不同層級服務體系整合
台灣目前也推動論人計酬試辦計畫，分為區域型、醫院忠誠病人型與社區醫療群型，費用涵蓋門住診，風險較基層醫療論人計酬較高。為避免醫院選擇病人，非區域型試辦計畫，由健保署提供固定就醫的忠誠病人名單，試辦計畫亦未限制病人就醫地點，以論人計酬計算虛擬總額，與試辦團隊分享利潤以鼓勵控制費用提升品質；對虧損之團隊，若醫療品質可達成目標，仍可彌補損失。但目前風險校正公式較簡單，醫療品質指標也較侷限，團隊外就醫比例甚高，仍有改善空間。 - 推動包裹支付
為避免DRGs實施後，病人移轉門診、急性後期照護（含長照醫院、復健設施、護理之家、居家照護等），醫療院所若照顧績效良好，可降低再住院率、減少護理之家使用，更可因此分享節約之利潤。
- 實施DRG s論病例計酬或DRG醫院總額預算制度